صنعت قهوه با چالش‌های زیست‌محیطی متعددی روبرو است. کشت قهوه در سایه (shade-grown) که روش سنتی است، به حفظ تنوع زیستی کمک می‌کند اما بازدهی کمتری دارد. در مقابل، مزارع آفتاب‌رو که بازدهی بالاتری دارند، نیاز به کود و آفت‌کش بیشتری داشته و به خاک آسیب می‌زنند. تغییرات اقلیمی نیز تهدید جدی برای مناطق قهوه‌خیز است. افزایش دما و تغییر الگوی بارش‌ها باعث کاهش کیفیت و کمیت محصول در بسیاری از مناطق شده است. برای مقابله با این چالش‌ها، روش‌هایی مانند کشت ارگانیک، استفاده از گونه‌های مقاوم، بازیافت آب فرآوری و کاهش مصرف انرژی در رستری‌ها پیشنهاد می‌شود. همچنین خرید قهوه‌های تجارت منصفانه (fair trade) و دارای گواهی‌های زیست‌محیطی می‌تواند به کشاورزان خرده‌پا کمک کند تا روش‌های پایدار را دنبال کنند